Αν και ο J έχει πια μεγάλη εμπειρία σε περίεργες καταστάσεις μετά από τα 15 χρόνια της σταδιοδρομίας του με τους Men In Black, τίποτα, ούτε καν οι εξωγήινοι, δεν τον μπερδεύει τόσο όσο ο κλειστός και καθόλου ομιλητικός συνάδελφος του. Αλλά όταν η ζωή του K και η μοίρα του πλανήτη κινδυνεύουν, ο πράκτορας J θα πρέπει να ταξιδέψει πίσω στο χρόνο για να σώσει την κατάσταση και να ανακαλύψει ότι υπάρχουν μυστικά στο σύμπαν που ο K δεν του είπε ποτέ. Μυστικά που θα αποκαλυφθούν καθώς συνεργάζεται με τον πράκτορα K στα νιάτα του, για να τον σώσει και μαζί του φυσικά το μέλλον όλης της ανθρωπότητας.