Ένα μυστηριώδες πλάσμα Kyubey προσφέρει σε ένα νεαρό κορίτσι που ονομάζεται Madoka Kaname την ευκαιρία να έχει μια ευχή. Σε αντάλλαγμα να πολεμήσει τα κακά πλάσματα που ονομάζονται Μάγισσες με κίνδυνο να χάσει τη ζωή της.