Μια κοσμική περίπτωση με ΟΥΦΟ, διαγαλαξιακές ίντριγκες και εξωπραγματικούς έρωτες στέλνει τον Scooby-Doo, τον Σάγκι και την παρέα της Μυστήριο Α.Ε. στη πιο εξωγήινη περιπέτεια! Όταν η παρέα καταλήγει σε μια απομονωμένη εγκαταλελειμμένη πόλη, ανακαλύπτει ότι η πόλη είναι γεμάτη ιπτάμενους δίσκους, περίεργους επιστήμονες? και όχι και πολύ φιλικούς εξωγήινους! Και αφού γλιτώνουν από το κυνήγι με τους εξωγήινους και μια απαγωγή από ΟΥΦΟ, ακόμα πιο περίεργα πράγματα συμβαίνουν στον Scooby-Doo και τον Σάγκι - καθώς ερωτεύονται και οι δυο κεραυνοβόλα! Ακολουθώντας λοιπόν τα στοιχεία του μυστηρίου των εξωγήινων εισβολέων, η παρέα οδηγείτε σε μια άκρως απόρρητη κυβερνητική ερευνητική βάση κρυμμένη σε ένα τεράστιο υπόγειο δίκτυο σπηλαίων κάτω από την έρημη πόλη και οι ερωτοχτυπημένοι φίλοι μας με την παρέα τους ξεκινούν ένα αγώνα δρόμου για να λύσουν μια υπόθεση που επαναπροσδιορίζει την έννοια του ? οι εξωγήινοι είναι εκεί έξω?!