Μετά τον θάνατο του Saizou, του αυστηρού παππού του, ο Kabamaru που εκπαιδευόταν για να γίνει ένας iga ninja πιστέυει πως είναι επιτέλους ελέυθερος. Όμως την ημέρα της κηδείας εμφανίζεται μία περίεργη κυρία, η Ran Akoko, η οποία είναι δευθύντρια ενός σχολείου στο Tokyo. Η κυρία αυτή ισχυρίζεται πως γνώριζε τον Saizou, ο οποίος της έστειλε ένα γράμμα με το οποίο της ζητάει να φροντίσει τον εγγονό του. Έτσι ο Kabamaru πηγαίνει στο Tokyo και ξεκινούν οι περιπέτειες του.