Δέκα έτη μετά από την έναρξη της εποχής Meiji, ένας Rurouni περιπλανιέται στο Τόκιο για να βρεί μια νέα ζωή με τους νέους φίλους του. Ορκισμένος να μη σκοτώσει ποτέ ξανά, προσπαθεί να δραπετεύσει από την μοίρα που τον θέλει τον μεγαλύτερο δολοφόνο της δυναστείας EDO. Μια παλιά απειλή στη νέα εποχή MΕIJI, είναι ο Shishio Makoto, ο διάδοχος του Hitokiri Battousai, που έφυγε μυστηριωδώς για ένα ταξίδι μακρινό, κοντά στο τέλος της δυναστείας Edo. Ο Shishio και το Juppon Gatana του είναι έτοιμοι για να αρχίσουν μια νέα επανάσταση και να διορθώσουν τα κακώς κείμενα της δυτικής επιρροής.