Ο Ash και οι φίλοι του φτάνουν σε ένα ειδυλλιακό χωριό για τον επόμενο διαγωνισμό Pokemon όπου θα ξεσπάσει το χάος με την προφητεία δυο Pokemon θεών, των Dialga και Palkia, και την άφιξη ενός μυστηριώδους, θανατηφόρου Pokemon, του Pokemon που έχει τη δύναμη να στρεβλώνει το χώρο και το χρόνο.