Περίπου 3 χρόνια μετά από σκληρή εκπαίδευση, ο Naruto γυρνάει επιτέλους στο χωριό του Konoha για να... αποκαλύψει ακόμα περισσότερους μπελάδες. Η ομάδα Akatsuki, που μέλος είναι και ο αδερφός του Uchiha Sasuke, ο Itachi, έχει άλλο ένα κακόβουλο σχέδιο και κυνηγούν να κλέψουν το Kyubi που έχει μέσα του σφραγισμένο ο Naruto... και όχι μόνο. Έτσι δημιουργείται η Ομάδα 7, με μέλη όλους τους παλιούς καλούς φίλους του χωριού Konoha, για να λύσουν το μυστήριο γύρω από την επικίνδυνη ομάδα Akatsuki που ίσως αποδειχτεί πολύ απειλητική για όλα τα χωριά...