Δεκατέσσερα χρόνια έχουν περάσει από τo Third Impact, όμως οι Angel συνεχίζουν τις επιθέσεις τους ενάντια στην ανθρωπότητα. O Shinji Ikari έχει διασωθεί απ την Evangelion Unit 01 και ανακαλύπτει ότι τα πάντα έχουν αλλάξει, αλλά όχι προς το καλύτερο. Ο κόσμος έχει καταστραφεί, οι πρώην συμμάχοι του απ τη NERV έχει γίνει εχθρικοί απέναντί του κι η Rei Ayanami, το κορίτσι για το οποίο ο Shinji ρίσκαρε τα πάντα για να σώσει, δεν υπάρχει πουθενά. Ενώ ο ίδιος προσπαθεί να προσαρμοστεί σ αυτόν τον παράξενο νέο κόσμο, γίνεται φίλος με τον αινιγματικό Nagisa Kaworu. Μαζί στην αναζήτησή τους για τη Rei, ανακαλύπτουν τις τρομερές αλήθειες πίσω απ τους Angel, τη NERV και τα Evangelion. Αλλά μια αμυδρή αχτίδα ελπίδας παραμένει για τα δύο αγόρια. Υπάρχει μία ευκαιρία για να αναιρεθούν τα λάθη του παρελθόντος. Ο Shinji πλέον θεωρούμενος ο Νο 1 εχθρός της ανθρωπότητας και με μόνο υποστηρικτή του τον Kaworu, πρέπει να αγωνιστεί για μια ευκαιρία για λύτρωση. Αυτό σημαίνει ότι θα πρέπει να ανατρέψει αυτό που ξεκίνησε - το τέλος του κόσμου.