Μετά τα γεγονότα του anime, ο Rintarou αρχίζει να αισθάνεται τις επιπτώσεις του εκτεταμένου ταξιδιού στο χρόνο, και τελικά ξεφεύγει εντελώς από την πραγματικότητα. Η Kurisu τώρα πρέπει να βρει έναν τρόπο να τον φέρει πίσω.