Ελεύθερη από τις ευθύνες με τον Οργανισμό 501, η Μότοκο Κουσανάγκι πρέπει τώρα να μάθει πώς να δέχεται εντολές από τον Αραμάκι. Κάποιος όμως χακάρει τα Λοτζικόμα, και ο Μπάτο επιστρατεύει την βοήθεια του πρώην αξιωματικού της υπηρεσίας πληροφοριών του στρατού Ισικάβα, και τον ειδικό σε θέματα πυροβολικού αέρος Μπόρμα. Η Κουσανάγκι ψάχνει επίσης να στρατολογήσει τον ελεύθερο σκοπευτή Σάιτο, καθώς και τον μυστικό αστυνομικό Παζ στον νεοσύστατο Τομέα 9 Δημόσιας Ασφάλειας. Οι δυο ομάδες ανταγωνίζονται η μία με την άλλη σε μια υπόθεση πού περιλαμβάνει έναν άντρα ο οποίος δέχεται ψεύτικες αναμνήσεις μιας επιχείρησης μεταφοράς πρόσφυγα.