Ο Σβανκμάγιερ δημιουργεί στις ταινίες του έναν κόσμο όπου οι φυσικοί νόμοι καταργούνται, την ώρα που παντρεύει στα πλάνα του τη ζωντανή δράση με το κουκλοθέατρο, τη γλυπτική και την τεχνική της πλαστελίνης και του stop motion animation. Παράλληλα, είτε έντονα, είτε υπόγεια, είτε σαρκαστικά, πάντα καταγράφεται μέσω των ταινιών του μία καυστική κριτική της εξέλιξης της κοινωνίας, της πολιτικής και του πολιτικώς ορθού. Όπως εξάλλου έχει δηλώσει ο ίδιος, από τη Βελούδινη Επανάσταση και μετά, δηλαδή την ειρηνική απόσχιση της Τσεχίας από τη Σλοβακία το 1989, όλη του η δουλειά είναι πολιτική.