16 χρόνια πριν, ένας μυστήριος μασκοφόρος Nίντζα απελευθέρωσε ένα παντοδύναμο πλάσμα γνωστό ως ο Δαίμονας Αλεπού με τις Εννιά Ουρές, προκαλώντας την καταστροφή του χωριού αλλά και πολλούς θανάτους. Για την αντιμετώπισή του, ο αρχηγός των Nίντζα δυνάμεων της Konoha, ο Τέταρτος Hokage Minato Namikaze, και η σύζυγός του Kushina Uzumaki, η ζωντανή φυλακή του Δαίμονα Αλεπού, σφράγισαν αυτό το πλάσμα στο νεογέννητο γιο τους, τον Naruto Uzumaki. Με τον Δαίμονα σφραγισμένο, τα πράγματα συνέχισαν φυσιολογικά. Όμως, τώρα η ειρήνη τελειώνει όταν μια ομάδα από Nίντζα με το όνομα Akatsuki επιτίθεται στην Konoha υπό την καθοδήγηση του Tobi, του μυστήριου μασκοφόρου άνδρα που ευθυνόταν για τα γεγονότα που καθόρισαν το μέλλον του Naruto. O Naruto κι η Sakura θα γίνουν τα πειράμα του Genjutsu του Tobi, που τους έφερε σε έναν εναλλακτικό κόσμο όπου πολλοί έχουν την αντίθετη προσωπικότητα από την πραγματική τους, πολλά ακόμη θα συναντήσει ο Naruto στο δρόμο του…