Στην αρχή του Παγκόσμιου Αιώνα, το έτος 0001, η ανακοίνωση της έναρξης της διαστημικής εποίκισης σηματοδοτεί την αρχή μιας νέας εποχής. Κατά την τελετή του εορτασμού της έναρξης αυτής της εποχής και του νέου ημερολογίου από τον Πρωθυπουργό της Γης στον διαστημικό σταθμό Laplace, γίνεται μια τρομοκρατική επίθεση και ο διαστημικός σταθμός καταστρέφεται ολοσχερώς. Η ιστορία συνεχίζει το έτος 0096, όπου στη διαστημική αποικία Industrial 7 ζει ο 16χρονος Banagher Links, ένα φαινομενικά φυσιολογικό αγόρι που πηγαίνει στο σχολείο της διαστημικής αποικίας. Η ζωή του θα αλλάξει όταν θα συναντήσει ένα κορίτσι, την Audrey Burne που θα χρειαστεί να τη σώσει, η οποία έχει τους δικούς της λόγους για την άφιξή της στην αποικία Industrial 7. Η ιστορία θα γίνει πιο περίπλοκη καθώς ο Banagher θα έρθει σε επαφή με ένα νέο σκάφος τον Μονόκερο Gundam και θα εμπλακεί σε μια μάχη όλων των πλευρών για το φημισμένο και μυστηριώδες Κουτί του Laplace.