25 χρόνια μετά την έρευνα του Dale Cooper για τη δολοφονία της Λώρα Πάλμερ, το FBI βρίσκει ένα κουτί του οποίου την προέλευση δε σκοπεύει να αποκαλύψει. Μέσα στο κουτί, ένας μεγάλος φάκελος. Μία πράκτορας του FBI αναλαμβάνει να αναλύσει όλα τα αρχεία του φακέλου και όλα όσα έχουν σχέση με την παράξενη πόλη των Twin Peaks. Επίσης πρέπει να διευκρινίσει την ταυτότητα του ανθρώπου που έφτιαξε τον φάκελο. Καθ’ όλη τη διάρκεια της έρευνας, ανακαλύπτει μυστικά για τις ζωές των κατοίκων της πόλης, αλλά και ερευνητικές αναφορές του Ντέιλ Κούπερ, που έχει έκτοτε εξαφανιστεί, αποκόμματα εφημερίδων, μία αναφορά αυτοψίας και άλλες απόρρητες πληροφορίες.