Τα κύτταρα του Godzilla, της Mothra και της Biollante ενώνονται στο διάστημα, και με τη βοήθεια μιας μαύρης τρύπας δημιουργείται ένα νέο αντίπαλο δέος, ο SpaceGodzilla. Το νέο τέρας εισβάλλει στη Γη και απαιτείται η συνδυασμένη δύναμη του Godzilla, του απογόνου του και του γιγαντιαίου ρομπότ Moguera, το οποίο είχε ξανακάνει την εμφάνισή του στην ταινία The Mysterians (1957) των Studios Toho, για να το αποκρούσουν.