Τρία χρόνια πέρασαν από τότε που ο Gamera νίκησε την βασίλισσα Legion, και ο κόσμος έχει πλέον γεμίσει με τα σαρκοβόρα πουλιά Gyaos τα οποία έχουν πλέον εξελιχθεί σε Hyper Gyaos. Σε ένα μικρό χωριό η Αγιάνα μια συναισθηματικά ταραγμένη νεαρή κοπέλα δημιουργεί ένα ψυχικό δεσμό με ένα εξαιρετικά επικίνδυνο παρασιτικό τέρας, γνωστό και ως Iris, που τρέφεται από την οργή και το μίσος της για τη γιγάντια χελώνα Gamera που κατά λάθος σκότωσε τους γονείς της στο παρελθόν.