Στην ειδική πράκτορα Dana Scully, που είναι γιατρός και δασκάλα της Ακαδημίας FBI στη Βιρτζίνια και στον πράκτορα Fox Mulder, τους ανατίθεται να διαλευκάνουν μαζί το μυστήριο The X Files, το οποίο συνδέεται με παραφυσικά φαινόμενα, περιπτώσεις βαμπιρισμού και λυκανθρώπων, γενετικές μεταλλάξεις και αποδείξεις απαγωγής από εξωγήινους ...Ο Mulder πιστεύει στους εξωγήινους και προσπαθεί να πείσει την Scully, πως όλες οι καταστάσεις δεν επιδέχονται πάντα λογική εξήγηση. Σταδιακά, η αρχική δυσπιστία εξελίσσεται σε φιλία, και λίγο αργότερα, σε ένα βαθύτερο νόημα.