23ος αιώνας. Ο Κάπτεν Τζέιμς Κερκ συνοδεύει το σκάφος Εντερπράιζ, που τώρα είναι εκπαιδευτικό σκάφος Ακαδημίας, σε ένα ταξίδι. Αισθάνεται μεγάλος και συμβιβάζεται με την ιδέα να είναι αυτό το τελευταίο του ταξίδι. Όμως ο Καν επιστρέφει οργισμένος. Ο ορκισμένος εχθρός του Κερκ έχει αποκτήσει δύναμη κλέβοντας μια συσκευή που ονομάζεται Project Genesis και ετοιμάζεται να στήσει την πιο θανατηφόρα παγίδα