Ο επιστήμονας Νίκος Τατόπουλος κι οι κάτοικοι της Νέας Υόρκης νόμιζαν πως είχαν γλιτώσει για τα καλά από τον Γκοτζίλα! Ένα από τα αυγά που είχε γεννήσει το μεταλλαγμένο τέρας κατάφερε όμως να επιβιώσει και το νεογέννητο πλάσμα μπερδεύει τον επιστήμονα για τη... μαμά του! Θα μπορούσε να είναι η αρχή μιας νέας εποχής για την επιστήμη, και να γίνει ο Γκοτζίλα σύμμαχος των ανθρώπων στη μάχη τους ενάντια σε επικίνδυνα μεταλλαγμένα πλάσματα που κινδυνεύουν να καταστρέψουν τον πλανήτη! Αλλά ο στρατός θωρεί τον ίδιο τον Γκοτζίλα απειλή και θέλει να καταστρέψει το γιγαντιαίο ερπετό.